Kai Havertz commence sa carrière au Alemannia Mariadorf en 2003. Il joue dans des équipes de groupes d’âge plus âgés dès sa jeunesse. En 2009, il part au Alemannia Aachen et y reste un an. Il rejoint ensuite le Bayer 04 Leverkusen. Lors de la saison 2015-2016 de la B-Juniors-Bundesliga, il gagne le championnat avec son équipe.

